macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

MPI Bioinformatics ToolkitのPSI-BLASTサービス

 

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)(紹介)は、多種多様なパブリックのバイオインフォマティクスツールへのアクセスを無料で提供するインタラクティブウェブサービスです。30以上の外部ツールと内性ツールを提供しており(2020年の論文時点で35個)、その機能には、配列類似性検索、アライメント構築、配列の特徴検出、構造予測、配列分類が含まれます。機能の幅広さや使いやすさから、MPI Bioinformatics Toolkitは生命科学分野の重要なリソースとなっています。

最近のアップデートで、選択可能なデータベースの中にAlphaFold DB(link)が追加され、AlphaFold DB (FTP) のタンパク質へのPSI-BLASTが行えるようになりました(注;タンパク質配列への通常のPSI-BLASTサーチです)。簡単に使い方を確認しておきます。

 

4/18のツイート

 

https://toolkit.tuebingen.mpg.de/tools/psiblastにアクセスしてSearchタブを選択します。

 

ProtBLAST/PSI-BLASTを選択します。

 

データベースをalphafolddb_v2に切り替えます。

タンパク質配列を入力。

 

パラメータを確認してサブミットします。

 

出力例

それぞれのヒットをクリックするとアラインメントにジャンプします。

 

 

E-Value Plot

 

MSAからは多重配列整列ファイルをダウンロードできます。

 

引用

Protein Sequence Analysis Using the MPI Bioinformatics Toolkit
Felix Gabler, Seung-Zin Nam, Sebastian Till, Milot Mirdita, Martin Steinegger, Johannes Söding, Andrei N Lupas, Vikram Alva

Curr Protoc Bioinformatics. 2020 Dec;72(1):e108

 

参考

 

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興味深いツイートがあったので貼っておきます。