Bandageのreduceコマンドを使うと、アセンブリググラフの中のターゲット配列を、隣接するノードと一緒に取り出すことができます。また、特定のカバレッジ範囲内にあるアセンブリグラフだけ取り出したりもできるため、メタゲノムアセンブリから一定の存在量のノードだけを取り出すためにも使えます（このコマンドはCUIでのみ使用可能）。この事について関心がある方は次の記事を読んで下さい。
> Bandage reduce
$ Bandage reduce
Bandage reduce takes an input graph and saves a reduced subgraph using the graph scope settings. The saved graph will be in GFA format.
If a graph scope is not specified, then the 'entire' scope will be used, in which case this will simply convert the input graph to GFA format.
Usage: Bandage reduce <inputgraph> <outputgraph> [options]
Positional parameters:
<inputgraph> A graph file of any type supported by Bandage
<outputgraph> The filename for the GFA graph to be made (if it does not end in '.gfa', that extension will be added)
Options: --help View this help message
--helpall View all command line settings
--version View Bandage version number
Settings: --scope <scope> Graph scope, from one of the following options: entire, aroundnodes, aroundblast, depthrange (default: entire)
--nodes <list> A comma-separated list of starting nodes for the aroundnodes scope (default: none)
--partial Use partial node name matching (default: exact node name matching)
--distance <int> The number of node steps away to draw for the aroundnodes and aroundblast scopes (0 to 100, default: 0)
--mindepth <float> The minimum allowed depth for the depthrange scope (0 to 1e+6, default: 10)
--maxdepth <float> The maximum allowed depth for the depthrange scope (0 to 1e+6, default: 100)
Online Bandage help: https://github.com/rrwick/Bandage/wiki
(metagenome) kamisakakazumanoMac-mini:YFCY1-15_spades-isolate kazu$
使い方
SPAdesやMEGAHITのアセンブリグラフに対して< E-value 1E-100でターゲット配列をblastnサーチして、ターゲットのノードと、それに隣接するノードだけを取り出す（reduced.gfaとして保存）。
Bandage reduce assembly.gfa reduced.gfa --query query.fasta --scope aroundblast --evfilter 1e-100 --distance 2
- --distance <int> The number of node steps away to draw for the aroundnodes and aroundblast scopes (0 to 100, default: 0)
- --scope <scope> Graph scope, from one of the following options: entire, aroundnodes, aroundblast, depthrange (default: entire)
トランスポゾン配列をクエリにして、トランスポゾン配列挿入株のWGSアセンブリからトランスポゾン関連グラフだけを取り出す。
Bandage reduce out.fastq.gfa reduced.gfa --query Tn.fa --scope aroundblast --evfilter 1e-100 --distance 2
色がついているノードがトランスポゾン配列。上手く抽出できている。
上にリンクを張った記事では、メタゲノムアセンブリからマニュアル作業を経ることでより間違いの少ないbin配列を取り出すためのヒントが書かれています。メタゲノムアセンブリからどうしても精度よく取り出したい配列（例えば集積培養した古細菌）がある場合、このような方法は役に立ちます。興味ある方はアクセスしてみて下さい。
引用
Bandage: interactive visualization of de novo genome assemblies
Ryan R. Wick, Mark B. Schultz, Justin Zobel, Kathryn E. Holt
Bioinformatics, Volume 31, Issue 20, 15 October 2015, Pages 3350–3352
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