HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ODGI のextractコマンド


ODGI のextract コマンドは、パンゲノムグラフから目的の遺伝子座を抽出し、パンゲノムグラフのサブグラフを作成する。チュートリアルでは、このextract コマンドを使い、6人+chm13細胞株の7つのハプロイドヒトゲノムアセンブリから得られた13のコンティグの特定の遺伝子座のパンゲノムバリエーショングラフを対象に、個体間で差異があるバリアントを調べる手順を説明している。


Extract selected loci


> odgi extract -h

  odgi extract {OPTIONS}


    Extract subgraphs or parts of a graph defined by query criteria.





        -i[FILE], --idx=[FILE]            Load the succinct variation graph in

                                          ODGI format from this *FILE*. The file

                                          name usually ends with *.og*. It also

                                          accepts GFAv1, but the on-the-fly

                                          conversion to the ODGI format requires

                                          additional time!


        --max-distance-subpaths=[N]       Maximum distance between subpaths

                                          allowed for merging them. It reduces

                                          the fragmentation of unspecified paths

                                          in the input path ranges. Set 0 to

                                          disable it.


        --max-merging-iterations=[N]      Maximum number of iterations in

                                          attempting to merge close subpaths. It

                                          stops early if during an iteration no

                                          subpaths were merged [default: 3].

      [ Graph Files IO ]

        -o[FILE], --out=[FILE]            Store all subgraphs in this FILE. The

                                          file name usually ends with *.og*.

      [ Extract Options ]

        -s, --split-subgraphs             Instead of writing the target

                                          subgraphs into a single graph, write

                                          one subgraph per given target to a

                                          separate file named path:start-end.og

                                          (0-based coordinates).

        -I, --inverse                     Extract the parts of the graph that do

                                          not meet the query criteria.

        -n[ID], --node=[ID]               A single node ID from which to begin

                                          our traversal.

        -l[FILE], --node-list=[FILE]      A file with one node id per line. The

                                          node specified will be extracted from

                                          the input graph.

        -c[N], --context-steps=[N]        The number of steps (nodes) away from

                                          our initial subgraph that we should

                                          collect [default: 0 (disabled)]

        -L[N], --context-bases=[N]        The number of bases away from our

                                          initial subgraph that we should

                                          collect [default: 0 (disabled)]

        -r[STRING], --path-range=[STRING] Find the node(s) in the specified path

                                          range TARGET=path[:pos1[-pos2]]

                                          (0-based coordinates).

        -b[FILE], --bed-file=[FILE]       Find the node(s) in the path range(s)

                                          specified in the given BED FILE.


        --pangenomic-range=[STRING]       Find the node(s) in the specified

                                          pangenomic range pos1-pos2 (0-based

                                          coordinates). The nucleotide positions

                                          refer to the pangenome’s sequence

                                          (i.e., the sequence obtained arranging

                                          all the graph’s node from left to


        -E, --full-range                  Collects all nodes in the sorted order

                                          of the graph in the min and max

                                          positions touched by the given path

                                          ranges. This ensures that all the

                                          paths of the subgraph are not split by

                                          node, but that the nodes are laced

                                          together again. Comparable to **-R,

                                          --lace-paths=FILE**, but specifically

                                          for all paths in the resulting

                                          subgraph. Be careful to use it with

                                          very complex graphs.


        --paths-to-extract=[FILE]         List of paths to keep in the extracted

                                          graph. The FILE must contain one path

                                          name per line and a subset of all

                                          paths can be specified. Paths

                                          specified in the input path ranges

                                          (with -r/--path-range and/or

                                          -b/--bed-file) will be kept in any


        -R[FILE], --lace-paths=[FILE]     List of paths to fully retain in the

                                          extracted graph. Must contain one path

                                          name per line and a subset of all

                                          paths can be specified.

      [ Threading ]

        -t[N], --threads=[N]              Number of threads to use for parallel


      [ Processing Information ]

        -P, --progress                    Print information about the operations

                                          and the progress to stderr.

      [ Program Information ]

        -h, --help                        Print a help message for odgi extract.





git clone
cd odgi/
#GFA1グラフを odgiバイナリに変換
odgi build -g test/LPA.gfa -o LPA.og



odgi paths -i LPA.og -L

3,チュートリアルではHG02572のこの遺伝子座 (LPA) のバリアントに注目している。まずVCFを確認する (chm13__LPA__tig00000001に対してコールされたバリアント)。

gzip -dc test/LPA.chm13__LPA__tig00000001.vcf.gz | grep -v '^##' - | head -n 9 | cut -f 1-9,16,17 | column -t


1050のバリアント(Tの挿入)は、VCFからHG02572__LPA__tig00000001にしか存在しない。この挿入が該当するサブグラフを抽出する。VCFから、IDが23のノード(-n 23)を指定する。

odgi extract -i LPA.og -n 23 -c 1 -o LPA.21_23_G_GT.og -d 0

odgi stats -i LPA.21_23_G_GT.og -S



odgi paths -i LPA.21_23_G_GT.og -L





odgi view -i LPA.21_23_G_GT.og -g > LPA.21_23_G_GT.gfa






Extract selected loci — odgi c522690 documentation