HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ORFを予測するEMBOSSの getorf

2020 10/26 誤字修正


このプログラムは、1つ以上のヌクレオチド配列中のオープンリーディングフレーム(ORF)の配列を検索して出力する。ORFは、2つのSTOPコドンの間、またはSTARTコドンとSTOPコドンの間の指定された最小サイズの領域として定義することができる。ORFは、ヌクレオチド配列として、またはタンパク質翻訳物として出力することができる。オプションとして、プログラムは、ORFのSTARTコドンから最初のSTOPコドン、または最後のSTOPコドンまでの領域を出力する。STARTコドンとSTOPコドンはGenetic Codeテーブルで定義されている。出力されるのは、最小サイズよりも長い予測ORFを含むシーケンスファイルで、最小サイズのデフォルトは30塩基(すなわち10アミノ酸)になっている。


emboss getorf




conda install -c bioconda -y emboss

brew install emboss

getorf -h

$ getorf -h

Find and extract open reading frames (ORFs)

Version: EMBOSS:


   Standard (Mandatory) qualifiers:

  [-sequence]          seqall     Nucleotide sequence(s) filename and optional

                                  format, or reference (input USA)

  [-outseq]            seqoutall  [<sequence>.<format>] Protein sequence

                                  set(s) filename and optional format (output



   Additional (Optional) qualifiers:

   -table              menu       [0] Code to use (Values: 0 (Standard); 1

                                  (Standard (with alternative initiation

                                  codons)); 2 (Vertebrate Mitochondrial); 3

                                  (Yeast Mitochondrial); 4 (Mold, Protozoan,

                                  Coelenterate Mitochondrial and

                                  Mycoplasma/Spiroplasma); 5 (Invertebrate

                                  Mitochondrial); 6 (Ciliate Macronuclear and

                                  Dasycladacean); 9 (Echinoderm

                                  Mitochondrial); 10 (Euplotid Nuclear); 11

                                  (Bacterial); 12 (Alternative Yeast Nuclear);

                                  13 (Ascidian Mitochondrial); 14 (Flatworm

                                  Mitochondrial); 15 (Blepharisma

                                  Macronuclear); 16 (Chlorophycean

                                  Mitochondrial); 21 (Trematode

                                  Mitochondrial); 22 (Scenedesmus obliquus);

                                  23 (Thraustochytrium Mitochondrial))

   -minsize            integer    [30] Minimum nucleotide size of ORF to

                                  report (Any integer value)

   -maxsize            integer    [1000000] Maximum nucleotide size of ORF to

                                  report (Any integer value)

   -find               menu       [0] This is a small menu of possible output

                                  options. The first four options are to

                                  select either the protein translation or the

                                  original nucleic acid sequence of the open

                                  reading frame. There are two possible

                                  definitions of an open reading frame: it can

                                  either be a region that is free of STOP

                                  codons or a region that begins with a START

                                  codon and ends with a STOP codon. The last

                                  three options are probably only of interest

                                  to people who wish to investigate the

                                  statistical properties of the regions around

                                  potential START or STOP codons. The last

                                  option assumes that ORF lengths are

                                  calculated between two STOP codons. (Values:

                                  0 (Translation of regions between STOP

                                  codons); 1 (Translation of regions between

                                  START and STOP codons); 2 (Nucleic sequences

                                  between STOP codons); 3 (Nucleic sequences

                                  between START and STOP codons); 4

                                  (Nucleotides flanking START codons); 5

                                  (Nucleotides flanking initial STOP codons);

                                  6 (Nucleotides flanking ending STOP codons))


   Advanced (Unprompted) qualifiers:

   -[no]methionine     boolean    [Y] START codons at the beginning of protein

                                  products will usually code for Methionine,

                                  despite what the codon will code for when it

                                  is internal to a protein. This qualifier

                                  sets all such START codons to code for

                                  Methionine by default.

   -circular           boolean    [N] Is the sequence circular

   -[no]reverse        boolean    [Y] Set this to be false if you do not wish

                                  to find ORFs in the reverse complement of

                                  the sequence.

   -flanking           integer    [100] If you have chosen one of the options

                                  of the type of sequence to find that gives

                                  the flanking sequence around a STOP or START

                                  codon, this allows you to set the number of

                                  nucleotides either side of that codon to

                                  output. If the region of flanking

                                  nucleotides crosses the start or end of the

                                  sequence, no output is given for this codon.

                                  (Any integer value)


   General qualifiers:

   -help               boolean    Report command line options and exit. More

                                  information on associated and general

                                  qualifiers can be found with -help -verbose






getorf inputseq.fasta output
  • -minsize   Minimum nucleotide size of ORF to  report [30]
  • -maxsize   Maximum nucleotide size of ORF to report [1000000]




EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite.
Rice P, Longden I, Bleasby A

Trends Genet. 2000 Jun;16(6):276-7