macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-09-16から1日間の記事一覧

公開されているプラスチドゲノムのアノテーションとinverted repeatsを調べる airpg

2021 9/18 使い方を理解していなかったので一旦コマンドは消去 ほとんどの顕花植物では、プラスチドのゲノムは、大小のシングルコピーと2つの逆方向反復配列領域からなる4分割構造をしている。近年、何千ものプラスチドのゲノムが配列決定され、公的な配列リ…

MMseqs2 コマンド其の4 分類群をアサインする mmseqs taxonomyコマンド

今年出た論文(*1)より MMseqs2 taxonomyは、メタゲノムのコンティグに分類学上のラベルを付与する新しいツールである。各コンティグから可能性のある全てのタンパク質断片を抽出し、分類学的なアノテーションに貢献できるものを素早く取り出し、それらにロ…