macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-01-06から1日間の記事一覧

セントロメア構造の自動アノテーションツール HiCAT

ロングリードシーケンス技術の著しい向上により、ゲノム中のセントロメアのような複雑なゲノム領域が解明され、セントロメアのアノテーション問題が導入された。現在、セントロメアのアノテーションは半手動的に行われている。HiCATは、階層的タンデムリピー…

タンパク質コードDNAの高感度かつエラー耐性アノテーションを行う BATH

BATHは、タンパク質配列のデータベースまたはプロファイル隠れマルコフモデル(pHMM)へのDNAの直接アラインメントに基づく、タンパク質をコードするDNAの高感度アノテーションツールである。BATHはHMMER3コードベース上に構築されており、わかりやすい入力…