macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Zetoroのレコードをダウンロードする zenodo_get

 

zenodo_getは、その名の通り、Zetoroのfrozen dataをダウンロードするコマンド。

 

インストール

#conda (link)
mamba install conda-forge::zenodo_get -y

#pip
pip3 install zenodo_get

#from github
pip3 install git+https://github.com/dvolgyes/zenodo_get

> zenodo_get -h

Usage: zenodo_get [options] RECORD_OR_DOI

 

Options:

  --version             show program's version number and exit

  -h, --help            show this help message and exit

  -c, --cite            print citation information

  -r RECORD, --record=RECORD

                        Zenodo record ID

  -d DOI, --doi=DOI     Zenodo DOI

  -m, --md5             Create md5sums.txt for verification.

  -w WGET, --wget=WGET  Create URL list for download managers. (Files will not

                        be downloaded.)

  -e, --continue-on-error

                        Continue with next file if error happens.

  -k, --keep            Keep files with invalid checksum. (Default: delete

                        them.)

  -n, --do-not-continue

                        Do not continue previous download attempt. (Default:

                        continue.)

  -R RETRY, --retry=RETRY

                        Retry on error N more times.

  -p PAUSE, --pause=PAUSE

                        Wait N second before retry attempt, e.g. 0.5

  -t TIMEOUT, --time-out=TIMEOUT

                        Set connection time-out. Default: 15 [sec].

  -o OUTDIR, --output-dir=OUTDIR

                        Output directory, created if necessary. Default:

                        current directory.

  -s, --sandbox         Use Zenodo Sandbox URL.

  -a ACCESS_TOKEN, --access-token=ACCESS_TOKEN

                        Optional access token for the requests query.

  -g GLOB, --glob=GLOB  Optional glob expression for files.

 

 

 

実行方法

zenedoのDOI全体か、digit部分だけ指定する。

zenodo_get 10.5281/zenodo.10376058
#or
zenodo_get 10376058

 

引用

https://github.com/dvolgyes/zenodo_get

 

$ zenodo_get --cite
Reference for this software:
David Völgyes. (2020, February 20). Zenodo_get: a downloader for Zenodo records (Version 1.6.1).
Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.1261812

Bibtex format:
@misc{david_volgyes_2020_10.5281/zenodo.1261812,
  author  = {David Völgyes},
  title   = {Zenodo_get: a downloader for Zenodo records.},
  month   = {2},
  year    = {2020},
  doi     = {10.5281/zenodo.1261812},
  url     = {https://doi.org/10.5281/zenodo.1261812}
}

 

参考

Zenodo wiki

https://ja.wikipedia.org/wiki/Zenodo