macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-05-16から1日間の記事一覧

複数のロングリードシークエンシングデータの一括した分析を行う Giraffe

第3世代シークエンシング技術は、高品質でウルトラロングリードを生成できることから人気を博している。さまざまなサンプルや複数のシーケンスプラットフォームから得られたデータセットを比較および包括的な解析に活用することは、生物学的メカニズムの解明…

原核生物のゲノム進化のシミュレータ CoreSimul

原核生物は無性の生物であるが、これらの生物は有性生物の減数分裂による組換えとは異なり相同組換えを頻繁に行う。ゲノム進化をシミュレートするために開発されたほとんどのツールは、有性生殖を想定しているか、あるいは集団にDNAフラックスが全くないこと…

変異に伴うタンパク質-タンパク質複合体の結合親和性変化を予測するためのディープアンサンブル法 DeepPPAPredMut

タンパク質-タンパク質相互作用(PPI)は多くの細胞内プロセスを支えており、変異によるその破壊は疾患の原因となる。AlphaFold2のようなタンパク質構造予測手法の進化と、広範な実験的親和性データの利用可能性に伴い、タンパク質-タンパク質複合体における…