macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

START App

 

 

 RNAシーケンシング(RNAseq)を用いた転写プロファイリングは、シングルセルから組織全体に至るまで、様々な文脈でのグローバルな遺伝子発現パターンを定量化するための強力な手法として登場した。このプロファイリング技術によって生成された膨大な量のデータは、結果を効果的に可視化して解釈するという点で、非常に困難な課題をもたらしている。研究者がRNAseqデータを簡単にアップロード、解析、可視化するためには、便利で直感的なデータインターフェースが不可欠であり。著者らは、これらの要件を念頭にSTART(Shiny Transcriptome Analysis Resource Tool)アプリを設計した。このアプリケーションは、ローカルコンピュータ上に常駐したり、ウェブベースの環境として機能したりできるパワーと柔軟性を備えており、研究者と共同研究者の間でデータを簡単に共有することができる。STARTアプリのソースコードはすべてRで書かれており、GPLv3でライセンスされたコードを https://github.com/jminnier/STARTapp から自由にダウンロードできる。Rがインストールされているシステムであれば、どのようなシステムでも起動できる。また、STARTアプリは研究者が一時的にデータをアップロードできるように、https://kcvi.shinyapps.io/START でホストされている。

 

Github

 

exampleファイル

https://github.com/jminnier/STARTapp/blob/master/data/examplecounts_short.csv

 

webサービス

https://kcvi.shinyapps.io/START にアクセスする。

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またはNASCARのサーバにアクセスする。

http://nasqar.abudhabi.nyu.edu

1、START App

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中央下が START App

 

NASCARはdocker imageを配布しているので、これを立ち上げて使用してもよい。

#pull all application images
docker pull aymanm/nasqarall:latest
docker run -p 80:80 aymanm/nasqarall:latest

ラウンチ後、http://localhost:80/にアクセスする。

 

カウントデータをアップロードする。

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Gruop Plots

PCA Plot

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Analysiss Plots

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Scatter plots

グループを選択する。Gruop1とGruop2

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Volcano Plot

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Gene Expresion Boxplots

遺伝子を選択する。ここでは2つの遺伝子を選択してプロットした。

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縦軸はlog2cpm_voomになっているが、log2cpmやcountに変更可能。

 

Heatmaps

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ローカルマシンでwebサーバを立ち上げてSTART Appを使用する場合、以前はRのコンソールで多くの依存ライブラリをエラーなく導入しておく必要がありました。このため、いつでもどこでも使用するというには少し敷居が高かったのですが、NASCARのdocker imageに含まれてからは、必要な時にいつでも使えるようになっています。

引用
The START App: a web-based RNAseq analysis and visualization resource

Jonathan W Nelson, Jiri Sklenar , Anthony P Barnes, Jessica Minnier

Bioinformatics. 2017 Feb 1;33(3):447-449