macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-09-05から1日間の記事一覧

メタゲノムのハイブリッドアセンブリとビニングのためのベスト・プラクティス・パイプライン nf-core/mag

ショットガンメタゲノムデータを解析することで、微生物群集に関する貴重な知見が得られると同時に、個々のゲノムレベルでの解決が可能となる。しかし、完全なリファレンスゲノムが存在しない場合、シークエンスリードからメタゲノムアセンブルゲノム(MAG)…

(メタゲノム)BAMのカバレッジ、polymorphic サイト率、リファレンスフリーのコンセンサス配列を計算する CMSeq

CMSeqは、SegataLabで公開されている、リファレンスのカバレッジ、polymorphic サイト率、BAMからのコンセンサス配列計算のための.bamファイルへのインターフェースを提供するコマンド群。 インストール 依存 Requires: samtools (> 1.x) numpy pysam pandas…