Differential Expression Gene Explorer（DrEdGE）はウェブベースのツールで、インタラクティブなオンラインのデータビジュアライゼーションを簡単に作成できるようにgenomicists（*1）を案内する。 DrEdGEの機能を、公開されているデータセット（ヒトの神経組織、マウス胚組織、Caenorhabditis elegans全胚）から生成された3つのサンプルWebサイトで実証する。 DrEdGEは、独立した探査に対する技術的な障害を取り除くことにより、大規模なゲノムデータセットの有用性を高める。DrEdGEはhttp://dredge.bio.unc.eduにて無料で利用できる。
http://dredge.bio.unc.edu/にアクセスする。
使用方法は動画で丁寧に説明されています。
webでは３つのデータセットが利用できる。
Human neuronal tissue
Mouse embryonic tissue
C. elegans timecourse
ローカルで使うなら、HPからdredge-7.4.1.zipをダウンロードして解凍しておく。
index.htmlファイルを開き、指示に従ってDrEdGEを設定する。
引用
Differential Expression Gene Explorer (DrEdGE): a tool for generating interactive online visualizations of gene expression datasets
Sophia C Tintori, Patrick Golden, Bob Goldstein
Bioinformatics, Published: 03 January 2020
*1
genomicist; A scientist whose speciality is genomics.
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