macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-09から1日間の記事一覧

SNVをコールしたり、全ゲノムのマルチプルアライメントを行う Snippy

2021 11/16 condaのインストール追記、help更新 Snippyはバクテリアのゲノムのマルチプルアライメントを行なって、SNV、indelをコールするツール。バリアントに基づいた系統解析を行う時などに使うことができる。 公式ページ http://www.vicbioinformatics.c…

バクテリアのPan genome解析ツール FRIPAN

2020 2/14 追記 公式ページ http://www.vicbioinformatics.com/software.fripan.shtml インストール Github https://github.com/drpowell/FriPan brew install npm #npmがない人だけ#python2環境で動かすconda create -n FriPan python=2.7conda activate Fr…

DGEリストからベン図を作成するwebサービス Vennt

2019 12/9 タイトル修正 Venntは共通/非共通のDGEsを図示するのに使われるvenn diagramを描画してくれるhtmlベースのツール。 公式ページ http://drpowell.github.io/vennt/ インストール Github https://github.com/drpowell/vennt brew install npm #npmが…