2020 2/14 追記
公式ページ
http://www.vicbioinformatics.com/software.fripan.shtml
インストール
https://github.com/drpowell/FriPan
brew install npm #npmがない人だけ
#python2環境で動かす
conda create -n FriPan python=2.7
conda activate FriPan
git clone https://github.com/drpowell/FriPan
cd FriPan
npm install
make compile
実行方法
git cloneしたFriPanのルートディレクトリにroaryで解析した結果のgene_presence_absence.csvファイルを変換したファイルを置く。input.roaryとリネームしておく。
./server.sh
gene_presence_absence.csvファイルの変換スクリプト
https://github.com/kwongj/roary2fripan
デモデータ
公式ページからリンクされているデモデータを開く。
緑のブロックにカーソルを合わせると、該当するゲノムが赤くなり、ゲノムとORFがポップアップ表示される。同時に上の系統樹とMDSのプロットの該当する菌も赤く表示される。
系統樹をクリックしても同じことができる。
右端のパラメータDendrogramをHorizontalに変更。
Vertical scaleを0.5に縮小。
引用
FriPan - interactive pan-genome explorer