新機能で、STRINGに任意の生物のプロテオームをアップして注釈を付け、解析時のリファレンスとして使用できるようになっています。試してみます。
https://string-db.org/cgi/input?sessionId=be8s1QO4CYoL&input_page_show_search=offにアクセス。
My Dataからgoogleアカウントなどを使ってログインする。
SEARCHのAdd organismを選択する。
Add organismでは、全proteome.faaを指定し、生物の分類群を選択して登録を行う。
"Add organismでは、プロテオームデータをアップし、それから相互作用ネットワークを生成し、Gene Ontology用語やKEGGパスウェイを含むタンパク質機能を予測する。一度アップロードされたプロテオームデータは、STRINGのウェブインターフェースから探索・解析したり、API経由でプログラムからアクセスしたり、すべての予測結果を一括ダウンロードすることができる。"
Add organismの画面。名前（種名）とNCBI tax.での分類群を指定する。正確な分類群が不明な場合、最も研究されている分類群を選択する（分類群が提出されたプロテオームに近ければ近いほど、より正確なパラロギー/オーソロジーの割り当てが可能になるため、ネットワーク/機能の予測はより良くなる）。
計算には数時間かかる。ログアウトしても問題ない。
アノテーションされたproteomeはMy Dataのyour annotated proteomesに表示される。
クリックすると詳細が表示される。
このproteomeをリファレンスとして使用するには、識別子"sharable organism identifier"を指定する。
あとは通常通り解析を行うことができます。
引用
The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest
Damian Szklarczyk, Rebecca Kirsch, Mikaela Koutrouli, Katerina Nastou, Farrokh Mehryary, Radja Hachilif, Annika L Gable, Tao Fang, Nadezhda T Doncheva, Sampo Pyysalo, Peer Bork, Lars J Jensen, Christian von Mering
Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D638-D646
