AmiGOのペーパーより
Gene Ontologyプロジェクト[GO（http://www.geneontology.org）; Gene Ontology Consortium、2000]は、構造化された統制語彙、またはオントロジーを開発し、遺伝子およびその産物（遺伝子産物）の基本的な特性を種に依存しない方法で記述する。 GOコンソーシアムのメンバーは、これらのオントロジーを使用して作成されたアノテーションを、統合と普及のためにGOデータベースに送信する。 このリソースへの広範なアクセスを提供するために、GOコンソーシアムは、ユーザーが目的のデータを検索、ソート、分析、視覚化、およびダウンロードできるWebベースのアプリケーションであるAmiGOを開発した。 オントロジー、遺伝子産物、アノテーションの詳細を提供するとともに、AmiGOはBLAST（Altschul et al、1990）検索、用語の強化、GO Slimmerツール、GO Online SQL Environment、ユーザーヘルプガイドを備えている。
AmiGO2 wiki
http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_2
GO term
https://ja.wikipedia.org/wiki/遺伝子オントロジー
使い方
ここでは検索機能について簡単に見ていく。
AmiGO2（http://amigo.geneontology.org/amigo/landing）にアクセスする。
1、Search: annotation
ユーザーが指定した条件でannotationを絞り込むことができる。
search = > annotationを選択。
左側のメニューを操作して絞り込んでいく。
OrganismからEukaryotaの+をクリックし、Eukaryotaのみにした。
さらに、GO classでbiological_processを+し、TypeでmiRNAを+した。
リストが指定した条件で絞り込まれた。
2、Search: Gene Ontology
GOだけで検索するならOntologyを選ぶ。
手順はannotationと同じになる。一番下のGenes and ~ も手順は同じ。
3、Browse: Drill-down Browsing of Ontologies
Gene Ontologyが階層表示される。
http://amigo.geneontology.org/amigo/dd_browse
+ /- ボタンを操作してサブ階層を展開していく。
ポップアップされたウィンドウの一番番下のGene productsリンクをクリック。
そのGO termに含まれる遺伝子セットが表示される。
この状態から、特定の生物にあるか調べる。左のメニューのOrganismからFungiを選択。さらにCandida albicansを選択。
Candida albicansの該当GO termがタグ付けされている遺伝子一覧が表示された。
生物名をクリックするとNCBIのtaxnomy browserにジャンプする。taxonomyの位置付けを調べることはもちろん、これまで登録されてきたCandida albicansの様々なstrainを表示することもできる。PANTHERの方は、ジャンプして保存されている生物の確認や、マルチプルシーケンスアラインメント（MSA）と系統樹作成などが実行できる（PANTHERは別に紹介します）。
4、Visualization
GO term同士をネットワークでつないだ非循環有向グラフで視覚化できる （manual）。
http://amigo.geneontology.org/visualize?mode=client_amigo
Base statisticsではAmiGO2で利用可能なデータの要約を見ることができる。
http://amigo.geneontology.org/amigo/base_statistics
AmiGo2で利用可能なツールの一覧はこちらを参照
http://amigo.geneontology.org/amigo/software_list
AmiGOは、どちらかといえば他のデータベースでGO enrichment解析を行い、そのリンク先として使うことが多いかもしれませんね。
引用
Carbon S., Ireland A., Mungall C.J., Shu S., Marshall B., Lewis S.
AmiGO: Online access to ontology and annotation data
Bioinformatics. 2009;25:288–289
AmiGO 2
Available online: http://amigo.geneontology.org/amigo/landing.
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