以前ニューヨーク大のindel検出のワークフローを紹介したが、その中で Haplotypercallerの検出結果のフィルタリングを以下のような条件で行なった。 java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantFiltration -R ref.fa -V raw_snps.vcf --filterExpression 'QD …

2018 10/25 追記 2019 8/9 コマンド追記 2020 10/14 vcflibのインストールコマンドを最後に追記 2021 5/15 誤字修正 次世代データからリファンレンスゲノムの変異検出を行うと、Variant Call Format（VCF）という形式で出力されることが多い。VCFの詳細はsam…