UCSCのゲノムブラウザーなどで使うフォーマット。最初の３列が必須で、オプションでさらに９列情報がつく場合がある。
最初の３列に記載する情報
- クロモソームの名前（e.g., chr1)
- リードや遺伝子のスタートポジション（ポジションは1でなく0スタート）
- リードや遺伝子のエンドポジション
追加の９列
- 名前
- 1-1000のスコア。スコアに応じて以下のようなカラー情報を持たせる事も可能である。
- リードや遺伝子の向き（+/-)
- CDSのスタートポジション。リードなら２の座標と同じになる。
- CDSのエンドポジション。
- exonの数
- 各exonのサイズ（数値をコンマで区切り全て記載する）
- exonのスタート位置。
BAMから変換したり、bed同士のオーバラップなどを分析するにはbedtoolsを使います。bedtoolsは以下で紹介しています。
引用
フォーマット一覧（UCSC）
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html
アメリエフのブログ（旧）
http://blog.amelieff.jp/?eid=195350
