タンパク質の要約統計を出力するEMBOSSのpepstatsコマンド

EMBOSSのpepstatsは、1つ以上のタンパク質配列からタンパク質の特性に関する様々な統計情報を出力する。

emboss pepstats

インストール

conda|mambaやbrewで導入できる。

#bioconda
mamba install -c bioconda -y emboss 

#homebrew 
brew install emboss

> pepstats -h

実行方法

入力のEST配列とgenome.fasta、出力名を指定する。est2genomeとだけ叩くと、対話モードで実行できる。

pepstats input.faa out.stats

#対話モード
pepstats

> pepstats -h

Calculate statistics of protein properties

Version: EMBOSS:6.6.0.0

Standard (Mandatory) qualifiers:

[-sequence] seqall Protein sequence(s) filename and optional

format, or reference (input USA)

[-outfile] outfile [*.pepstats] Pepstats program output file

Additional (Optional) qualifiers: (none)

Advanced (Unprompted) qualifiers:

-aadata datafile [Eamino.dat] Amino acid properties

-mwdata datafile [Emolwt.dat] Molecular weight data for amino

acids

-pkdata datafile [Epk.dat] Values of pKa for amino acids

-[no]termini boolean [Y] Include charge at N and C terminus

-mono boolean [N] Use monoisotopic weights

General qualifiers:

-help boolean Report command line options and exit. More

information on associated and general

qualifiers can be found with -help -verbose

入力配列

出力

上の出力には以下が含まれる。

その他

multi-fastaを指定した場合、配列ごとに統計が計算されて出力される。
使用されているHarrisonモデルによってあるタンパク質がおそらく封入体で発現すると予測されても、細胞質に溶けないという意味ではない。タンパク質が封入体で発現するかどうかは配列だけでは確実には予測できず、ほかの多くの要因にも依存している（レポジトリ参照）。
embossのサイトでは、類似サブコマンドとして以下も紹介されている。