macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-28から1日間の記事一覧

複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出する Genome Tester4

2020 12/29 タイトル修正 複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出できる Genome Tester4 =>複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出する Genome Tester4 GenomeTester4はk-merをカウントしたり、操作するためのパッケ…

TopHatのunmapped.bamを修復する TopHat-Recondition

tophatはスプライシングされた領域を跨ぐアライメントが可能なRNAのマッピングツールだが、他のアライメントユーツとは異なり、tophatのすべてのバージョンはアライメントされなかったリードを独自形式で別のbamに書き込む。このフォーマットが理由で、unmap…

TE及び単純反復をDe novoで検出する Red

2020 10/5 インストール追記 技術の急速な進歩により、何千もの種のゲノムの配列が利用できるようになってきている。これらの配列の中には、ゲノムの大部分を構成するリピートが含まれている。そのため、アノテーションを成功させるためには、リピートを正確…

TEなどのリピート配列をDe novoで検出し、マスクするphRAIDER

RepeatMaskerはTEなどの検索によく使われているが、プリコンパイルされたライブラリを必要とする。ゲノム解析された哺乳類では、このプリコンパイルされたライブラリを用いてTE検索が可能になるが、植物で近縁種のゲノムを使った場合、うまくいかないことが…