tophatはスプライシングされた領域を跨ぐアライメントが可能なRNAのマッピングツールだが、他のアライメントユーツとは異なり、tophatのすべてのバージョンはアライメントされなかったリードを独自形式で別のbamに書き込む。このフォーマットが理由で、unmapped.bamを使いさらに何か解析を行うときにgatk、picard、samtoolsなどで正しく扱えない問題がある。TopHat-Reconditionはtophat独自のsam/bamを他のツールが扱えるように修復するツールとして機能する。
インストール
conda install -c bioconda tophat-recondition
> tophat-recondition -h
user$ tophat-recondition -h
usage: tophat-recondition [-h] [-l LOGFILE] [-m MAPPED_FILE] [-q]
[-r RESULT_DIR] [-u UNMAPPED_FILE] [-v]
tophat_result_dir
Post-process TopHat unmapped reads. For detailed information on the issues
this software corrects, please consult the software homepage:
https://github.com/cbrueffer/tophat-recondition
positional arguments:
tophat_result_dir directory containing TopHat mapped and unmapped read
files.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-l LOGFILE, --logfile LOGFILE
log file (optional, (default: result_dir/tophat-
recondition.log)
-m MAPPED_FILE, --mapped-file MAPPED_FILE
Name of the file containing mapped reads (default:
accepted_hits.bam)
-q, --quiet quiet mode, no console output
-r RESULT_DIR, --result_dir RESULT_DIR
directory to write unmapped_fixup.bam to (default:
tophat_output_dir)
-u UNMAPPED_FILE, --unmapped-file UNMAPPED_FILE
Name of the file containing unmapped reads (default:
unmapped.bam)
-v, --version show program's version number and exit
実行方法
tophatの出力ディレクトリを指定してランする。
tophat-recondition tophat_result_dir
- -m MAPPED_FILE Name of the file containing mapped reads (default:accepted_hits.bam)
- -u UNMAPPED_FILE-u UNMAPPED_FILE, --unmapped-file UNMAPPED_FILE Name of the file containing unmapped reads (default: unmapped.bam)
- -r directory to write unmapped_fixup.bam to (default: tophat_output_dir)
-mや-uフラグでmapとunmapのbamファイルを直接指定してもいいが、tophatの出力ディレクトリを指定すると自動でbamを見分けてくれる。ランが終わると、修復されたunmapped_fixup.bamとlogファイルが出力される。
引用
TopHat-Recondition: a post-processor for TopHat unmapped reads
Brueffer C, Saal LH
BMC Bioinformatics. 2016 May 4;17(1):199
