2017-06-21から1日間の記事一覧
2021 8/22 説明を修正 MNIONのシーケンスデータはFAST5というフォーマットで出力される。FAST5はHDF5（wiki）という時系列データ関係でよく使われる形式に乗っ取っている。塩基配列になっていないバイナリーなデータである。このデータから塩基配列に変換す…
S. cerevisiaeとE.coli K12をilluminaとnanoporeで読んだ論文のデータ が公開されている。 http://schatzlab.cshl.edu/data/nanocorr/ このデータを使い、2017年6月現在のナノポアリードのパフォーマンスを調べてみる。 上記URLからMinionとilluminaのシーケ…
2019 5/8 インストールおよびヘルプ追記 2020 12/9 help更新 これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする（OMIC toolリンク）。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよ…
誤りが見つかったため、初投稿からいくつか内容を修正しています。 R7のデータがnanopolishで解析できなかったため、 テストデータについてもR9で読んだデータを使うように修正しました。 オックスフォードNanoporeシーケンシングデータのシグナルレベル解析…
