ロングリードを使ってリファレンスベースのアセンブリとpolishを行う Rebaler

優先順位の高いジョブがたまっているため、お盆明けくらいまで不定期更新にします。よろしくお願いいたします。

Rebalerはロングリード使用してリファレンスベースのアセンブリを実行するためのプログラムである。細菌ゲノム用に作られている。

Method （Githubより）

詳細は論文を確認して下さい。ONTのbase caller比較のペーパー中で使用されています。

インストール

miniconda3.4.0.5環境でテストした（docker使用、ホストOS ubuntu 16.0.4）

依存

本体　Github

#Bioconda(link)
conda install -c bioconda -y rebaler

#Githubから
git clone https://github.com/rrwick/Rebaler.git 
cd Rebaler 
python3 setup.py install

> rebaler -h

# rebaler -h

usage: rebaler [-t THREADS] [--keep] [--random] [-h] [--version] reference reads

Rebaler: reference-based long read assemblies of bacterial genomes

Positional arguments:

reference FASTA file of reference assembly

reads FASTA/FASTQ file of long reads

Optional arguments:

-t THREADS, --threads THREADS Number of threads to use for alignment and polishing (default: 16)

--keep Do not delete temp directory of intermediate files (default: delete temp directory)

--random If a part of the reference is missing, replace it with random sequence (default: leave it as the reference sequence)

Help:

-h, --help Show this help message and exit

--version Show program's version number and exit

テストラン

テンプレートのリファレンス（リファレンスゲノム、ターゲット遺伝子など）とリードを指定する。

rebaler -t 20 reference.fasta reads.fastq.gz > assembly.fasta

リファレンスが環状ゲノムの場合、テンプレートのfastaのヘッダーに下のような感じでcircular=trueをつけてからランする。

>chromosome length=5138942 circular=true

引用

Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing

Ryan R. Wick, Louise M. Judd, Kathryn E. Holt
Genome Biologyvolume 20, Article number: 129 (2019)

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