2021 6/17 condaインストール追記
quickmergeは、ロングリード情報を使い、アセンブルのcontiguityを向上させるツール。特にロングリードのカバレッジがmodestな時にcontiguityが大きく向上するとされる。他のツールのアセンブル結果を入力ファイルとする。
インストール
https://github.com/mahulchak/quickmerge
git clone https://github.com/mahulchak/quickmerge.git
cd quickmerge
bash make_merger.sh
#conda
conda install -c bioconda quickmerge
実行方法
使用するには、DBG2OLC（紹介）などで実行されたハイブリッドアセンブリされたデータと、ロングリードだけでアセンブルされたデータが必要となる。オーサーらはハイブリッドアセンブリにはDBG2OLCを用い、ロングリードだけのアセンブリにはPBcR、canu、FALCONなどを用いている。
ラッパーツールを用いたランが推奨されている。
merge_wrapper.py hybrid_assembly.fasta self_assembly.fasta
マニュアルで進めることも可能です。詳細はオーサーらの説明を参考にしてください。
https://github.com/mahulchak/quickmerge
発表された論文では、high qualityなゲノムの抽出からアセンブルのpolishまで一通りの流れが書かれており勉強になります。
引用
Contiguous and accurate de novo assembly of metazoan genomes with modest long read coverage
Mahul Chakraborty James G. Baldwin-Brown Anthony D. Long J. J. Emerson
Nucleic Acids Research, Volume 44, Issue 19, 2 November 2016, Pages e147,
