Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

2021 3/9 追記

　SMARTdenovoは、PacBioおよびOxford Nanopore（ONT）データ用の新しいアセンブラ。 エラー訂正なしでリードをアライメントしてアセンブリを生成する。 

　SMARTdenovoはいくつかの独立したコマンドラインツールで構成されている：rawリードのall vs allのアライメントとオーバーラップのためのwtzmo、欠落オーバーラップを救済するwtgbo、低品質領域とキメラを識別するためのwtclp、およびより良いunitigコンセンサスを生成するwtcnsまたはwtmsa。 smartdenovo.plスクリプトは、これらのプログラムを一度に呼び出すための便利なインターフェイスを提供している。

インストール

Github

git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo; make)

ラン 

サンプルデータのダウンロードと整形

wget -O- http://www.cbcb.umd.edu/software/PBcR/data/selfSampleData.tar.gz | tar zxf - awk 'NR%4==1||NR%4==2' selfSampleData/pacbio_filtered.fastq | sed 's/^@/>/g' > reads.fa

アセンブルしてunitigを出力する（unitig）。

smartdenovo/smartdenovo.pl reads.fa > wtasm.mak #アセンブル前の準備
make -f wtasm.mak #アセンブル

引用

https://github.com/ruanjue/smartdenovo/blob/master/README.md

2021 3/9

SMARTdenovo: a de novo assembler using long noisy reads
Hailin LiuShigang WuAlun LiJue Ruan*

Gigabyte,1,2021 https://doi.org/10.46471/gigabyte.15