VRprofile2は、細菌ゲノム配列中の多様な mobile genetic elementsを高速に同定するパイプラインを更新したものである。前バージョンと比較して、3つの大きな改善がなされた。まず、モザイク構造を持つ多剤耐性領域において、抗生物質耐性遺伝子カセットと様々なmobile elementsを組み合わせて調査する際に、ユーザーフレンドリーな視覚化が可能になった。VRprofile2は、予測されたmobile elementsを、収集された類似構造の既知のmobile elements（可動遺伝因子wiki）と比較することができる。また、個々の細菌ゲノムにおけるmobilome（a set of mobile genetic elements, wiki）の大きさを総合的に推定するための新しいmobilome 指標を提案した。第二に、予測された菌株の配列タイピング、不和合性グループ、プラスミドの移植性を利用して、抗生物質耐性遺伝子、mobile elements、宿主菌株の関係を効率的に検討することができる。また、バックエンドデータベースであるMobilomeDB2には、文献から検索した、あるいは予測に基づく約1000の活性型mobile elementsが収集されている。また、5500以上のESKAPEEゲノムの抗生物質耐性遺伝子保有mobile elementsの事前計算結果も提供されている。VRprofile2は、細菌のmobile elementsや抗生物質耐性の伝播に興味を持つ研究者にとって、より良いサポートを提供するものと期待される。VRprofile2 は、ログイン不要で誰でも自由に利用できる（https://tool2-mml.sjtu.edu.cn/VRprofile）。
help
https://tool2-mml.sjtu.edu.cn/VRprofile/docs/#/
https://tool2-mml.sjtu.edu.cn/VRprofileにアクセスする。
ここでは左側の新規予測を選択
GenBank形式のアノテーションファイルをアップロードする。chromosmeかplasmid、単離ゲノムかメタゲノムアセンブリかを指定する。
ここではexampleのchromosomeを選択した。
出力
同定されたMGE領域のテーブルが表示される。
青色のsummaryボタンの右にあるgenome viewをクリックすると、環状ゲノム表現でのAntibiotic Resistance Associated Mobile Genetic Elementsの位置が表示される。
Browseタブでは細菌で同定されたMGEを閲覧できる。
ESKAPEE群（Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter spp.と Escherichia coli）から選択できる。
Searchタブでは抗生物質耐性遺伝子（ARG）名を入力することで、問い合わせたARGの宿主菌の分布、MGEの種類、ARGと挿入配列（IS）の関係などを検索できる。
検索例
Statisticsタブでは、菌株分布、ARGs分布、ARGsと異なるタイプのMGEsの関係性を閲覧できる。
引用
VRprofile2: detection of antibiotic resistance-associated mobilome in bacterial pathogens
Meng Wang, Ying-Xian Goh, Cui Tai, Hui Wang, Zixin Deng, Hong-Yu Ou
Nucleic Acids Research, Published: 07 May 2022
