macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-04-14から1日間の記事一覧

Waifuで拡大時の画質劣化を抑える

sudo apt update sudo apt install cmake git libgtk2.0-dev pkg-config libavcodec-dev libavformat-dev libswscale-dev sudo apt install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev…

CLC genomics workbench (7.0)でRNA seq解析

CLCで行う前提でワークフローを書いてみる。 アダプター配列の確認 アダプター配列はシーケンス->画像からのシグナル取得 -> ベースコールファイル(.bcl) -> FASTQ変換の過程で自動除去されるようだが、インサートが短いペアリードファイルなどでは3'側にア…