macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-02-14から1日間の記事一覧

複数のプロファイルHMMを1つに統合する HMMerge

過去数十年の間に多重配列アライメントのための手法開発が進歩したにもかかわらず、配列の長さが大きく異なるデータセットのアライメントは、特に入力配列に非常に短い配列(シークエンシング技術、または進化の過程で大きく欠失した配列)が含まれる場合、…

kraken2のレポートをkrona plotで視覚化する

2024/02/14 誤字修正 メタゲノムデータ解析レシピ(ISBN 978-4-7581-2255-9)3章のWEB年度更新で、kraken2のunclassifiledの割合には注意しましょうという説明をしました。その中で、unclassifiledがkrona plotには反映されないと書いたのですが、これはKrak…