macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2023-12-14から1日間の記事一覧

fastpの新機能

fastpは既に5000回以上引用されている(PubMedより)人気のシークエンシングデータの前処理ツールだが、最近のアップグレード(*1)でいくつか新機能が追加された。新機能を簡単に確認しておく。 インストール iMetaの論文ではv0.23.2が最新のバージョンのfa…

マイクロバイオーム関連に特化したsamtoolsの拡張 msamtools

msamtoolsは、マイクロバイオームデータ解析、特にショットガンメタゲノミクスやメタトランスクリプトミクスデータを解析する際によく使われる便利な機能を提供している。既にいくつかの論文で使用されている。 インストール M1 macstudioでテストした(rose…