2023-02-16から1日間の記事一覧
レポジトリより近年の科学の進歩により、利用可能なゲノム配列情報は膨大な量に達している。以前は、この配列情報は単一の参照配列から構成されており、比較的容易に線形に可視化することができた。今日、私たちはしばしば、特定のDNA配列の複数のvariantsを…
2023
Preprint
Nanopore long read
Pacbio
large genome
assembly
phylogenetic marker genes
haplotype
phasing
真核生物のゲノム解析は、ゲノム解読法の進歩にもかかわらず、未だエラーフリーには至っていない。真核生物のゲノムアセンブリの問題の中には、対立遺伝子が誤ってパラロガスとしてアセンブリされるケースとして現れる、いわゆる「ハプロタイプ重複」と呼ば…
GFF
GTF
format conversion
ab initio gene prediction
reciprocal best hit
filtering
intron
UTR
ENA
eukaryotic genome annotation
pseudogene
mask
2023/02/27 intron addに追記 HPより AGATは、あらゆる種類のGTFやGFFの欠落情報（特徴や属性）をチェック、修正、追加し、完全でソートされた標準的なgff3形式を作成する能力を備えている。長年にわたり、GTF/GFFフォーマットファイルに関連するあらゆるタ…
