macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-12-28から1日間の記事一覧

DEXseqを使ってSuperTranscriptsの発現解析を行うTrinityのdexseq_wrapper.plスクリプト

DEX-SeqをSupertranscriptsに適用することで、ある条件や処理に反応してリードカバレッジが統計的に有意な差を示す異なる転写産物セグメントを介して、 differential transcript usage(DTU)を探索することが可能。 TrinityツールキットのDTU解析のためのミ…

supertranscriptsを構築するTrinityのTrinity_gene_splice_modeler.pyスクリプト

スーパートランスクリプトとは、 重複のない遺伝子のすべてのエキソン配列が含まれる各遺伝子の代替の表現方法である。SuperTranscriptは、スプライシングアイソフォーム間でユニークな配列領域と共通する配列領域を1つの直線的な配列にまとめることで構築さ…