macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-06-01から1日間の記事一覧

pyfastaを使ってコンティグを重複ありで分割する

メタゲノムのアセンブリでは、アセンブリの連続性を高めるために、最初のメタゲノムアセンブリ配列を重複付きで分割して、OLCアセンブラの入力として使用することがある(例えばOPERA-MSやminimus2)。この重複ありのcontigの分割には、pyfastaのsplitコマン…