macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2019-08-03から1日間の記事一覧

マッピングからコンセンサス配列を出力するbcftoolsのconsensusコマンド

2019 8/5 bcftools help追加 2019 8/30追記 2019 11/11追記 2020 3/20 bowtiee2コマンド修正 2021 5/24 dockerhubのイメージへのリンク追加 変異株のリファレンスをゲノムに当て、その個体についてコンセンサス配列を作成したいことがある。 これはbcftools…

elPrep 4

2020, 2021 9/17 追記 elPrep 4はelPrep [ref.1]の大幅に拡張された再実装であり、DNAシーケンシングパイプラインでのバリアントコールのシーケンスアライメント/マップファイル(SAM / BAM)[ref.2]を準備するためのマルチスレッドツールである。パイプライ…