Illumina のSynthetic Long-Read（http://www.illumina.com/technology/next-generation-sequencing/long-read-sequencing-technology.html）、PacBio Single Molecular Real-Silence（HTS） （Eid et al、2009）およびOxford Nanopore Technologies（Eisens…

近年の次世代シーケンシング（NGS）プラットフォームの出現により、大量並列cDNAシークエンシング（RNA-Seq）技術は、発現の高分解能測定および低量の転写産物の検出における高感度を提供するもう一つの強力なツールとなっている。 RNA-Seqは、事前の遺伝子…

2019 6/18 コマンド追記、6/26 インストール追記、6/28 samtoolsコマンドエラー修正 2020 3/22 help更新、4/16 multiqcとの連携例、4/29 誤解のある表現を修正、8/28 index追記, help更新 2021 1/21、8/26 インストール追記 2024/02/16 インストール手順（py…

近年、配列決定されたゲノムの数と多様性が非常に増加している（論文より Reddy et al、2015）。 13,000以上の真核生物が配列決定されているか、配列決定の過程にあり、数百の植物や動物を含むより多くのものが計画されている。大部分のモデル生物は、高品質…

2020 7/12 追記 ゲノムシークエンシングプロジェクトでは、遺伝子の同定は機能的研究と比較分析の基本である。メイトペアライブラリーおよびロングリードは高品質のアセンブリの生成を容易にするが、すべての遺伝子の完全な構造を回復することは困難であり、…