2019 3/24 コメント修正 Pacific Biosciences [論文より ref.4,5]およびOxford Nanopore [ref.6,7,8]によって導入された第3世代シークエンシング技術は、かなり長いリードを生成する。これらのロングリードには、通常、数千の塩基対が含まれており（論文より…

イルミナのMiSeqでシーケンスを1回実行すると、300 bpのペアエンドで15ギガバイト（GB）のデータが出力される。Illumina HiSeq 2500では、最大ペアエンド250 bpで300 GBのシーケンスが可能担っている。この高いスループットは、ゲノムアセンブリにとって魅力…

自然界に存在する大部分の微生物種は培養できないが、メタゲノミクスや最近のシングルセルシーケンス技術によりゲノムにアクセスできるようになってきた。シングルセルシーケンスとメタゲノムのショットガンシーケンスが同じ環境サンプルから生成され、方法…

デノボゲノムアセンブリにはgreedy strategy、string overlap graph、そしてde Bruijn graphの3つの主なアプローチがある。greedy strategyは、シードリードを選択し、最大のオーバーラップが可能になるまで貪欲に拡張していくことによって機能する。このア…