ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。ここでは、プラスチドに焦点を当てたオンラインオルガネラプロットツールを紹介する。このツールは、葉緑体ゲノムの排他的な構造を可視化するために開発された。このプログラムの特徴は、Single Short Copy（SSC）領域を逆相補的に表現することで、各遺伝子のコドン使用量の偏りを表現できること、逆反復（IR）領域間の小さなミスマッチを表現できること、そしてユーザーが指定したプロット層を表示できることである。このプログラムの多彩なカラースキームと多様な機能は、プラスチドのゲノムの正確でスケーラブルな表現を反映するために特別に設計されている。プログラムを簡単に利用できるように、Shinyアプリのウェブサイトを紹介しているが、オンラインで提供されているダウンロード可能なソースコードをさらに開発・変更することで、より高度なアプリケーションが可能になる。このソフトウェアとそのライブラリは、https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ で利用可能な R で完全にコード化されている。
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https://irscope.shinyapps.io/Chloroplot/
https://irscope.shinyapps.io/Chloroplot/ にアクセスする。
プラスチドのGenBankのaccession numberを指定するか、プラスチドのGenBankファイルをアップロードする。
描画された。。ゲノムのサイズが大きい場合は時間がかかる。
contentsから表示する項目を変更できる。
表示する遺伝子クラスも変更可能になっている。
クロロプラストのinverted repeat領域（オーバーレイ表示された青色のハイライト領域部分）についての設定も用意されている。
ユーザー独自のデータを視覚化できるように、3つのカスタマイズできるレイヤー機能が用意されている。
example data
レイヤー１（外から内に向かって2番目のリング）をstep line + fillingで表示した。
Coloringでは、6つのカラーリングテーマ（Default、Aurora、Silhuoette、Evergreen、Glacier、Volcano）を適用できる。
Aurora
Evergreen
Silhuoette
カラーテーマはcsv ファイルをアップロードして色指定することもできる。
4. ダウンロード
ダウンロードタブからプロットをダウンロードできる。ファイル名、フォーマット、解像度を指定してDownlooadボタンをクリックするとダウンロードが開始される。
引用
Chloroplot: An Online Program for the Versatile Plotting of Organelle Genomes
Shuyu Zheng, Peter Poczai, Jaakko Hyvönen, Jing Tang, Ali Amiryousefi
Front. Genet., 25 September 2020
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