macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

オミックスデータを簡単に可視化できるWebアプリケーション GraphBio

 

 オミックスデータは大量に生産され、通常、高度な可視化解析が必要とされる。これらの解析にはプログラミングのスキルが必要な場合が多く、実験生物学者にとっては難しい。したがって、より使いやすいツールが早急に求められている。
 本発表では、オミックスデータの可視化解析を簡単に行うことができるWebアプリケーション、GraphBioを紹介する。GraphBioは、ヒートマップ、ボルケーノプロット、MAプロット、ネットワークプロット、ドットプロット、コードプロット、パイプロット、象限図、ベン図、累積分布曲線、主成分分析(PCA)、生存分析、受信者動作特性(ROC)分析、相関分析およびテキストクラスタ分析など15の一般的な可視化分析方法を提供する。プログラミングのスキルを持たない実験生物学者でも、一般的な可視化分析を簡単に実行し、出版に適した図を得ることができる。
 GraphBioは、オンラインWebアプリケーションとして、http://www.graphbio1.com/en/(英語版)およびhttp://www.graphbio1.com/(中国語版)で自由に利用することができる。GraphBio のソースコードhttps://github.com/databio2022/GraphBio で公開されている。

 

HPより

GraphBioは、オミックスデータを可視化するための様々な機能モジュールを搭載しており、各モジュールは同じデザイン原則に基づき、ユーザーが簡単に使用できるように設計されています。入力ファイルにはcsvtxt(タブ区切り)、xlsxlsxを、図はpdfpngjpegtiffをサポートしており、簡単にダウンロードすることができます。

 

webサービス

http://www.graphbio1.com/en/http://www.graphbio1.com/にアクセスする。

左のメニューから選択する。helpやFAQも用意されている。

 

Heatmapを見てみる。ファイルをアップロードする前に、右側のメニューにあるview example fileボタンをクリック。

アップロードするファイルのスタイルを確認する。遺伝子発現のテーブルになっている。

参考例のファイルをもとに、ファイルを作成する。作成したファイルは4つの形式(csv, txt, xls, xlsx)のいずれかで保存する。1ファイルあたり5MBまでの制限があるので注意。NaN値(数値に表せないセル)は許容されない。

 

任意でサンプルの属性を表すメタデータファイルも作成する。Test1,3,5がgroup1、Test2,4,6がgroup2となっている。

 

ファイルをアップロードする。ここではrun exampleボタンをクリックした。

 

表示された。図は右のメニューからカスタマイズできる。

 

ほかのデモデータ作図結果も見てみる。

Venn Diagram

 

Volcano Plot

 

Cluster Analysis (Text cluster)

 

Dot plot

Style1

Style2

 

Correlation Analysis

Scatter Plot

Correlation Analysis

 

Pie Plot

 

Cumulative Distribution Curve

 

Survival Curve

 

ROC curve

 

MA Plot

 

Four Quadrant Diagrams

 

PCA analysis

 

Network Plot

 

GOplot

 

引用

GraphBio: A shiny web app to easily perform popular visualization analysis for omics data

Tianxin Zhao, Zelin Wang

Front Genet. 2022 Sep 7;13:957317