Helpより
phyloTは、NCBI taxonomyまたはGenome Taxonomy Database（GTDb）に基づいて、系統樹を自動的に生成する。NCBI taxonomyは、様々なソースからの系統学的および分類学的知識を取り入れることを試みており、NCBIをソースとして使用しているphyloTが生成したツリーは、NCBI taxonomyデータベースの現在の分類学的構造を表している。それらは「適切な」系統樹ではなく、枝の長さやクレードサポート値を含んでいない。一方、GTDbをソースとするphyloTツリーは、GTDbの参照ツリー（BacterialまたはArchaealのいずれか）を刈り込んだものであり、したがって枝の長さやクレードのサポート値を含んでいる。
help
https://phylot.biobyte.de/help.cgi
https://phylot.biobyte.de/にアクセスする。
phyloTは、NCBIの分類法またはGenome Taxonomy Databaseに基づいて系統樹を生成します。分類名、識別子、またはタンパク質のアクセッションのリストから、phyloTは選択された出力形式でプルーニングされたツリーを生成します。完全なクレードは単純に含めることができ、必要な分類学的レベルで中断したり、不要なノードをオプションでフィルタリングすることができます。詳しい情報はヘルプページをご覧ください。
exampleの例を見てみる。#1-9まである。
#1
scientific nameをカンマ区切りで書く。
generate tree fileボタンをクリックするとNewickフォーマットのツリーファイルをダウンロードできる。Viwsualize in iTOLボタンをクリックするとiTOLで系統樹を表示できる。
#2
NCBI taxonomy ID (taxIDs)をカンマ区切りか１つごとに改行して書く。
scientific namesからtaxonomy IDに変える。右の方にあるツリーフォーマットはデフォルトはNewickフォーマットで、NEXUSとphyloXMLもサポートしている。
Viwsualize in iTOLボタンをクリックしてiTOLで表示した。
#3
分類学上のクラスを指定してツリーを表示することもできる。例えばGenusが選択された場合、その分類学上のgenusを持つノードが表示される。これは、完全なクレード（キーワード「｜subtree」が付加されたノード）にのみ適用されることに注意。Mammalia（哺乳綱 ）なら
Mammalia|subtree
iTOLで表示した。
#4
#3と同じだが、属レベルに限定する。
iTOLで表示した。
#5
#4と同じだが、insecta（昆虫綱）もtaxi idで追加
iTOLで表示した。root部分で２つに分岐している。
#6
#5と同じだが、outlierとしてE.coliも追加。
#7
NCBI proteinのaccession IDを指定
#9
Ascomycota（子嚢菌門）のサブツリーを表示。
ツリーの生成を停止する分類学上のクラスを指定する。
iTOLで表示した。
引用
https://phylot.biobyte.de/about.cgi
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