macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

condaレシピの自動生成ツール Grayskull

 

Githubより

Grayskullはcondaのレシピを自動生成します。このプロジェクトの主な目的は、conda-forgeのための簡潔なレシピを生成することです。Grayskullプロジェクトは、最終的にconda skeletonを置き換えることを意図して作られています。現在、GrayskullはPyPIで公開されているPythonパッケージや、PyPIでは公開されていないがGitHubリポジトリとして公開されているパッケージのレシピを生成できます。また、GrayskullはCRANで公開されているRパッケージのレシピを生成することができます。Grayskullの将来のバージョンでは、ConanやCPANなどの他のリポジトリにあるパッケージのレシピ生成をサポートする予定です。

Grayskull以前は、我々は、PyPI上のPythonパッケージのレシピを生成するためにconda-buildスケルトンのみ利用できました。それ以外の面では、conda-build skeletonとgrayskullを比較すると、生成されるレシピの品質の差や、生成にかかる時間に大きな開きがあります。Grayskullは、プラットフォーム、利用可能なPythonのバージョン、セレクタコンパイラFortran、C、C++)、パッケージの制約、ライセンスタイプ、ライセンスファイルなどを考慮してレシピを生成します。複数のソースから利用可能なメタデータを使用して、可能な限り最良のレシピを作成します。

 

webバージョン

https://www.marcelotrevisani.com/grayskull

the conda-forge blog

https://conda-forge.org/blog/posts/2020-03-05-grayskull/

(Skeletonとの比較など)

 

2023/01

 

 

インストール

Github

#conda (anaconda)
mamba install -c conda-forge grayskull -y

#pip
pip install grayskull

grayskull -h

$ grayskull -h

usage: grayskull [-h] [--version] {cran,pypi} ...

 

Grayskull - Conda recipe generator

 

positional arguments:

  {cran,pypi}    sub-command help

    cran         Options to generate CRAN recipes

    pypi         Options to generate PyPI recipes

 

optional arguments:

  -h, --help     show this help message and exit

  --version, -v  Print Grayskull version and exit

 

 

実行方法

pypiのパッケージ名を指定する。

grayskull pypi pytest

#バージョン指定と複数同時指定
grayskul pypi pytest requests=2.21.0 colorama

f:id:kazumaxneo:20220327004556p:plain

 

YAMLファイルが生成される。

f:id:kazumaxneo:20220327004021p:plain

引用

https://github.com/conda-incubator/grayskull