ペアエンドシーケンスからのフォワードリードとリバースリードのマージは、ゲノムアセンブリやマッピングなどのダウンストリームタスクのパフォーマンスを大幅に向上させる（インサートサイズの問題には触れない）。しかしエラー率はシーケンス限界が近づく…

最も広く適用されてきたエラー訂正方法は、スペクトルアラインメントの手法で（Pevzner et al。、2001）、これはk -merスペクトルに依存したアルゴリズムとなる。すなわち、与えられた閾値よりも頻繁に発生するk -mer（solidまたは 'trusted'）と頻度の低いk…

多くの誤り訂正方法が開発・発表されているが、454のホモポリマーを明示的に対象としたエラー訂正ツールはほぼない（2014年時点）。 ホモポリマーのindelは454パイロシークエンシングの主要なシークエンシングエラーの1つで、ホモポリマーエラーが あるせい…

GemSIMは汎用フォーマットのSAMおよびFASTQ（IlluminaおよびRoche454を含む）と互換性のあるシングルエンドまたはペアエンドのリードを生成できるNGSのシミュレータ。ユーザーが比率を指定することで、簡単なメタゲノムのシミュレートを行うこともできる。 P…