macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ゲノムを比較してドットプロット図を出力する Dotplot

 

Githubより

 ドットプロットとは、主に生物学で使用される、配列の類似性をグラフィカルに視覚化するためのプロットである。Dotplotを作成しようとするプログラムはすでにたくさんあるが、残念なことに、これらのプログラムのほとんどはずっと前に作られたもので、古いバージョンのJavaで書かれている。このPython3パッケージは、新世代のバイオインフォマティシャンがより簡単にドットプロットを生成できるようにする。

 

インストール

ubuntu18.04にてmambaで環境を作ってテストした。

Github

mamba create -n dotplot python=3.9 -y
conda activate dotplot
pip install dotplot

 

実行方法

ゲノムを指定する。

dotplot --fasta 1.fa 2.fa

 

GUIモード

dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui

#open GUI
dotplot

f:id:kazumaxneo:20210312103220p:plain

 

ランが正常終了しないエラーがある。正常にランできるようになったら追記します。

引用

GitHub - kn-bibs/dotplot: Simple visualisation tool for sequences' similarity in bioinformatics

 

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