Githubより
ドットプロットとは、主に生物学で使用される、配列の類似性をグラフィカルに視覚化するためのプロットである。Dotplotを作成しようとするプログラムはすでにたくさんあるが、残念なことに、これらのプログラムのほとんどはずっと前に作られたもので、古いバージョンのJavaで書かれている。このPython3パッケージは、新世代のバイオインフォマティシャンがより簡単にドットプロットを生成できるようにする。
インストール
ubuntu18.04にてmambaで環境を作ってテストした。
mamba create -n dotplot python=3.9 -y
conda activate dotplot
pip install dotplot
実行方法
ゲノムを指定する。
dotplot --fasta 1.fa 2.fa
GUIモード
dotplot --fasta 1.fa 2.fa --gui
#open GUI
dotplot
ランが正常終了しないエラーがある。正常にランできるようになったら追記します。
引用
GitHub - kn-bibs/dotplot: Simple visualisation tool for sequences' similarity in bioinformatics
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