macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

フォーマット変換 Fastq=> Fasta

 

 

awkのコマンドで一発でできる。

awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa

 

 または、embossのseqretコマンドでも同じことができる。