macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

フォーマット変換 Fastq=> Fasta

 

 

awkのコマンドで一発でできる。

awk '(NR - 1) % 4 < 2' test.fq | sed 's/@/>/' > test.fa

 

 または、embossのseqretコマンドでも同じことができる。seqretコマンドは別に紹介しています。