Multi-CSAR は、ターゲットゲノムのアセンブリにおいて、複数のリファレンスゲノムに基づくより大きなスキャフォールドにコンティグを効率的かつ正確に順序付け、方向付けることができるウェブサーバである。Multi-CSAR は、ターゲットゲノムと複数のリファレンスゲノムがある場合、まずターゲットゲノムと各リファレンスゲノムに共通する配列マーカーを特定し、これらの配列マーカーを利用して各単一リファレンスゲノムに基づくターゲットゲノムのscaffoldを計算し、最後にすべての単一リファレンス由来のscaffoldを組み合わせて複数リファレンス由来のscaffoldにする。Multi-CSAR を実行するには、scaffold されるターゲットゲノムと 1 つまたは複数のリファレンスゲノムを multi-FASTA フォーマットでアップロードする。また、Multi-CSARでは、リファレンスゲノムに対して異なる重みを自動的に計算する「weighting scheme of reference genomes」、配列マーカーを特定する「NUCmer on nucleotides」または「PROmer on translated amino acids」を選択することができる。出力ページでは、Multi-CSARは、複数のリファレンスゲノムから得られたスキャフォールドを、スキャフォールドされたコンティグの正確さを視覚的に確認するための2つのグラフ表示（Circos plotとdotplot）およびスキャフォールドをさらに詳細に確認するための表形式で表示する。Multi-CSAR は、http://genome.cs.nthu.edu.tw/Multi-CSAR/ でオンライン公開されている。
help
http://genome.cs.nthu.edu.tw/Multi-CSAR/index.html?help
webサーバ
http://genome.cs.nthu.edu.tw/Multi-CSAR/にアクセスする。
ターゲットゲノムドラフトをmulti-FASTA形式でアップロードする。さらに、リファレンスゲノムを1つまたは複数、multi-FASTA形式でアップロードする。プラスボタンをクリックすると、リファレンスゲノムのフィールドを追加できる。メールアドレスを入力すると、ジョブ終了後に 通知が届く。
Using weighting scheme of reference genomes のチェックボックスをオンにすると、リファレンスゲノム全ての重みが、ターゲットゲノムとの配列の類似性に基づいて計測される。リファレンスゲノムがターゲットゲノムに類似しているほど、その重みは大きくなる。（重み付けスキームを使用しないと全て 1）。
NUCmer on nucleotides" または "PROmer on translated amino acids"を選択すると、ターゲットゲノムと各参照ゲノムに共通する配列マーカー（類似ゲノムセグメント）が検出される。NUCmerは入力DNA配列上で直接配列マーカーを検出し、PROmerは入力DNA配列の6フレームタンパク質翻訳物上で検出する。
スキャフォールドされたターゲットゲノムと選択されたリファレンスゲノム間のcircosプロット。配列マーカーが2層の内円に沿って交互に配置されています。
dot plot
スキャホールディングされた配列は右端のタブからダウンロードできる。レポジトリに配置されているテストデータ: Burkholderia_target.fnaを使うと、1223contigが9 scaffoldsまで繋がった。
引用
Multi-CSAR: a web server for scaffolding contigs using multiple reference genomes
Shu-Cheng Liu, Yan-Ru Ju, Chin Lung Lu
Nucleic Acids Research, Published: 07 May 2022
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