macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アセンブリのinterrupted ORFsを評価する ideel

 

ideelはバクテリア/微生物ゲノムアセンブリの中断されたORFの評価を行うツール。

 

インストール

Github

git clone https://github.com/mw55309/ideel.git
cd ideel/

Snakefileを開いてuniprot tremblなどのdiamond databaseのパスを修正する。

 

実行方法

クローンしたレポジトリの中に”genomes”というディレクトリを作り、そこにアセンブリを.faという拡張子で入れる。

f:id:kazumaxneo:20210402005323p:plain

ラン

snakemake --cores 20

出力

f:id:kazumaxneo:20210402004300p:plain

 

f:id:kazumaxneo:20210402001601p:plain

図;ロングリードオンリーのアセンブリ配列(左)とショートリードとロングリードのハイブリッドアセンブリ(右)。出力のhistsディレクトリより。

 

2021 4/30 

この論文のSupplementary Figure 12で使用されています。

https://www.nature.com/articles/s41587-019-0202-3/figures/17

引用

GitHub - mw55309/ideel: Indels are not ideal - quick test for interrupted ORFs in bacterial/microbial genomes

 

*1

Dockerfileを書いてビルドした。

#################################################
FROM ubuntu:18.04

LABEL \ description="Base image for ideel"
#################################################

RUN apt update -y && apt install -y git wget python3 python3-pip prodigal
RUN pip3 install prodigal diamond rbase snakemake

WORKDIR /home/
RUN git clone https://github.com/mw55309/ideel.git
WORKDIR /home/ideel

#################################################

 

ビルド

docker build -t kazumax/ideel .

ラン

> docker run -itv $PWD:/data --rm kazumax/ideel

> snakemake

ラン前にSnakefileを開いてdiamond databaseのパスを修正する。

 

関連

 

参考