macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

メタゲノムのアセンブリを行う hifiasm-meta

2021 10/19 プレプリント引用

 

 現在のメタゲノムアセンブラは、ショートシーケンスリードやノイズの多いロングリード用に開発されたもので、正確なロングリードには最適化されていない。ここでは、最近のデータの高い精度を利用した新しいメタゲノムアセンブラであるhifiasm-metaを紹介する。7つの経験的データセットで評価した結果,hifiasm-metaは,1つのデータセットにつき数十から数百の完全な環状の細菌ゲノムを再構築し,他のメタゲノムアセンブラよりも一貫して優れていた。

 

Hifiasm-metaはメタゲノムアセンブリのためのhifiasmの forkである。

 

 

インストール

git clone https://github.com/xfengnefx/hifiasm-meta.git
cd hifiasm-meta && make

> ./hifiasm_meta 

$ ./hifiasm_meta 

Usage: hifiasm_meta 0.1-r037 (hifiasm code base 0.13-r308)

Options:

Input/Output:

-o STR prefix of output files [hifiasm_meta.asm]

-B STR prefix of bin files, if it's different from -o [hifiasm_meta.asm]

-i ignore saved read correction and overlaps

-t INT number of threads [1]

-z INT length of adapters that should be removed [0]

--version show version number

Read selection:

-S enable read selection.

--force-preovec

enable and force read selection.

--lowq-10

lower 10% runtime kmer frequency threshold. [50]

--lowq-5

lower 5% runtime kmer frequency threshold. [50]

--lowq-3

lower 3% runtime kmer frequency threshold. [-1]

Overlap/Error correction:

-k INT k-mer length (must be <64) [51]

-w INT minimizer window size [51]

-f INT number of bits for bloom filter; 0 to disable [37]

-D FLOAT drop k-mers occurring >FLOAT*coverage times [5.0]

-N INT consider up to max(-D*coverage,-N) overlaps for each oriented read [100]

-r INT round of correction [3]

Assembly:

-a INT round of assembly cleaning [4]

-n INT remove tip unitigs composed of <=INT reads [3]

-x FLOAT max overlap drop ratio [0.8]

-y FLOAT min overlap drop ratio [0.2]

Auxiliary:

-e ban assembly, i.e. terminate before generating string graph

--write-paf dump overlaps (paf).

--dump-all-ovlp

dump all overlaps ever calculated in the final overlapping (paf).

--write-ec

dump error corrected reads (fasta).

Example: ./hifiasm_meta -o asm -t 32 asm.fq.gz 2>log

See `man ./hifiasm_meta.1` for detailed descriptions command-line options.

 

 

実行方法

HiFi readを指定する

hifiasm_meta -o asm -t 32 asm.fq.gz 2>log

 

引用

GitHub - lh3/hifiasm-meta: Hifiasm: a haplotype-resolved assembler for accurate Hifi reads

 

2021 10/19

Metagenome assembly of high-fidelity long reads with hifiasm-meta
Xiaowen Feng, Haoyu Cheng, Daniel Portik, Heng Li

arXiv, Submitted on 16 Oct 2021

 

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