macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2022-08-31から1日間の記事一覧

フラボノイド生合成候補を探索する KIPEs

フラボノイドの生合成は、植物における特殊な代謝と転写制御のモデル系としてよく知られている。フラボノイドは、紫外線防御や花粉媒介者の誘引など多くの生物学的機能を持つだけでなく、バイオテクノロジーの可能性も秘めている。ここでは、フラボノイド生…

サテライトDNAモチーフをアセンブルする SRF

Satellite Repeat Finder(SRF)は、ゲノム上で何度もタンデムに繰り返されるサテライトDNAのモチーフを組み立てるツールである。ショートリード、高精度ロングリード、高品質コンティグを入力とし、各リピートユニットのコンセンサスを報告する。SRFは、de …

keggcharter

Githubより KEGGCharter は KEGG API と Pathway 機能のユーザーフレンドリーな実装です。特徴は KEGG ID から KEGG Orthologs (KO) への変換、および KO から EC 番号への変換。 主要な分類群の代謝ポテンシャルを KEGG メタボリックマップで表現(上位 10 …