macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-06-23から1日間の記事一覧

バクテリアWGSからバリアントコールと系統解析を行う自動化されたパイプライン bactmap

Githubより nf-core/bactmapは、細菌のWGSから得られたショートリードを参照配列にマッピングし、フィルタリングされたVCFファイルを作成し、VCFファイル内の高品質な位置に基づいてシュードゲノムを作成し、オプションとしてシュードゲノムのアラインメント…