2020 6/4 構成を変更
１、EMBOSSのseqretコマンドを使う（インストール）。
ゲノムのGenbankファイルを読み込んでfasta出力する。複数配列あるならmulti fasta出力される。
seqret input.gbk out.fasta
正規表現をサポートしているので、うまくワイルドカードを使えば大量のgenebakファイルから同時にfastaを抜き出すこともできる（正し*gbkと打っても受け付けない）。
２、BEDOPSのconvert2bedを使う。
> convert2bed -h
$ convert2bed -h
convert2bed
version: 2.4.37
author: Alex Reynolds
Usage:
$ convert2bed --input=fmt [--output=fmt] [options] < input > output
Convert BAM, GFF, GTF, GVF, PSL, RepeatMasker (OUT), SAM, VCF
and WIG genomic formats to BED or BEDOPS Starch (compressed BED)
Input can be a regular file or standard input piped in using the
hyphen character ('-'):
$ some_upstream_process ... | convert2bed --input=fmt - > output
Input (required):
--input=[bam|gff|gtf|gvf|psl|rmsk|sam|vcf|wig] (-i <fmt>)
Genomic format of input file (required)
Output:
--output=[bed|starch] (-o <fmt>)
Format of output file, either BED or BEDOPS Starch (optional, default is BED)
Other processing options:
--do-not-sort (-d)
Do not sort BED output with sort-bed (not compatible with --output=starch)
--max-mem=<value> (-m <val>)
Sets aside <value> memory for sorting BED output. For example, <value> can
be 8G, 8000M or 8000000000 to specify 8 GB of memory (default is 2G)
--sort-tmpdir=<dir> (-r <dir>)
Optionally sets [dir] as temporary directory for sort data, when used in
conjunction with --max-mem=[value], instead of the host's operating system
default temporary directory
--starch-bzip2 (-z)
Used with --output=starch, the compressed output explicitly applies the bzip2
algorithm to compress intermediate data (default is bzip2)
--starch-gzip (-g)
Used with --output=starch, the compressed output applies gzip compression on
intermediate data
--starch-note="xyz..." (-e "xyz...")
Used with --output=starch, this adds a note to the Starch archive metadata
--help | --help[-bam|-gff|-gtf|-gvf|-psl|-rmsk|-sam|-vcf|-wig] (-h | -h <fmt>)
Show general help message (or detailed help for a specified input format)
--version (-w)
Show application version
GFF=> BED
convert2bed --input=gff < input.gff3 > output.bed
GFF3にも対応。
３、Biostarsのスレッドで紹介されているスクリプトを使う。
Challenge: Convert GenBank to Fasta without bioperl, without emboss, or any other dependencies
たとえばgenbank2fasta.plとして保存し、以下のように実行
perl genbank2fasta.pl input.gbff > output.fa
４、オンラインのツールを使う。
引用
Biostars
Challenge: Convert GenBank to Fasta without bioperl, without emboss, or any other dependencies
