macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

gtf

FASTQ、BED、BAMを操作するNGSUtilsその4 gtfutils

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4回目はgtfを操作するgtfutilsを紹介する。 インストール 公式ページ NGSUtils git clone git://github.com/ngsutils/ngsutils.gitcd ngsutils/make #依存がインストールされる(詳細はwebマニュアル参照) $ gtfutils Usage: gtfutils COMMAND Commands Ge…

BEDOPSを使いVCF, GTF, GFF などを BED に変換 する。

BEDヘの変換はawkやperlやpythonのスクリプトで簡単にできるが、BEDOPSのvcf2nedを使うと、indelの種類などによってフィルタリングしながら分類することができ便利である。 BEDOPSがない人はbrewで入れておく。 brew install BEDOPS 公式マニュアル http://b…

GTFとGFFフォーマット

GTFはgeneのアノテーション専用のフォーマットと定義されている。それに対してGFF3はtranscriptなどにも使えるよりジェネラルなフォーマットとなっている。この違いのため、例えばUCSC genomeではgeneアノテーションファイルはgtfフォーマットでのみダウンロ…