macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-19から1日間の記事一覧

NCBIからバクテリアゲノムをダウンロードする

コンプリートなゲノムのダウンロード。 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/bacteria/assembly_summary.txt awk -F '\t' '{if($12=="Complete Genome") print $20}' assembly_summary.txt > assembly_summary_complete_genomes.txtmkdir bacte…